报局成立 X 战警部门，成员有万磁王、X 教授等。他们前往古巴阻止黑皇，万磁王杀死黑皇后却引发人类与变种人冲突，X 教授下肢瘫痪，万磁王组建变种人兄弟会，变种人的命运自此走向不同分支，内部矛盾与外部压力交织成复杂的局面。

1963 年，亚历山大·皮尔斯出生，同年，苏联科学家安东·万科叛逃美国与霍华德研究反应堆，九头蛇和苏联合谋派冬兵刺杀肯尼迪总统，【Earth - 10005】中的万磁王因此入狱，X 教授抑郁，泽维尔学院受创，变种人群体在政治阴谋与社会动荡中风雨飘摇。1967 年，安东·万科因牟利企图被霍华德反对，后因间谍罪被逐。1968 年，尼克·弗瑞高中毕业后从军，伊万·万科、詹姆斯·罗德、卡罗尔·丹弗斯出生。1969 年，布鲁斯·班纳出生。1970 年，汉克·皮姆推进歌利亚计划研究微观宇宙、巨人化与量子领域，同年，2023 年的托尼和史蒂夫穿越至新泽西州神盾局基地获取宇宙魔方与皮姆粒子，史蒂夫见佩姬，托尼遇霍华德，之后史蒂夫归还魔方，而霍华德之子托尼·斯塔克诞生，时空的交错为未来的故事埋下更多伏笔。

1971 年，克林特·巴顿、斯科特·朗出生，洛基化名制造 D.B. 库珀劫机悬案后被彩虹桥摄走。1972 年，佐拉博士去世，其意识存于神盾局计算机。1973 年，在【Earth - 10005】，崔斯克研究活体变种人引发危机，魔形女暗杀崔斯克后被捕，人类获取变形基因研制哨兵机器人。而在【Earth - 10005B】，金刚狼罗根从 2023 年返回，与 X 教授解救万磁王和快银，阻止魔形女暗杀，改变了部分历史进程，变种人的未来在时间的缝隙中闪烁着不同的可能。

1974 年，霍华德举办斯塔克世界博览会展示未来城市构想并发现新能源，汉克·皮姆研制出皮姆粒子。1975 年，在【Earth - 10005】，越战结束，金刚狼与剑齿虎经历一系列事件后，X 教授和万磁王虽在对抗人类上理念有交集但目的相悖，矛盾进一步加深。1978 年，山姆·威尔逊出生。1980 年，特查拉、霍普·凡戴恩出生，伊戈来地球与梅瑞狄斯·奎尔生子彼得·奎尔，后螳螂女出生。1983 年，在【Earth - 10005B】，天启苏醒招募四骑士妄图改写世界规则，控制 X 教授引发学院爆炸，X 战警在开罗对抗天启，琴·格蕾爆发凤凰之力摧毁天启，变种人的命运再次迎来转折，在危机与希望中挣扎前行。

1984 年，娜塔莎·罗曼诺夫出生。1985 年，【Earth - 96283】的彼得·帕克出生，在【Earth - 10005】，X 特遣队因金刚狼退出而瓦解，史崔克上校清洗成员，罗根在复仇中被改造失忆。1987 年，征服者康被流放量子领域，汉克·皮姆夫妇成为蚁人和黄蜂女后珍妮特被困，她在量子领域结识康又反抗康，加入反抗军寻找归地球之法。托尼·斯塔克毕业，伊戈害死妻子，彼得·奎尔被勇度带走，马克斯·佩克特出生，各方人物的命运在不同的轨迹上加速前行，故事线逐渐蔓延开来。

1988 年，叶莲娜·贝洛娃出生。1989 年，汉克·皮姆因担心成果被窃离开神盾局成立皮姆科技公司，九头蛇派亚历山大·皮尔斯卧底神盾局，旺达和皮特罗兄妹出生，正邪双方在神盾局内外展开了一场没有硝烟的情报与权力博弈。1990 年，亚历山大·皮尔斯与尼克·弗瑞首次碰面，命运的丝线将两人缠绕在一起，未来的冲突已初现端倪。1991 年，冬兵受九头蛇指使暗杀霍华德·斯塔克夫妇，抢走血清改造超级士兵，托尼·斯